Sí, es muy útil cuando un emisor tiene más de 1 régimen fiscal, siga las indicaciones de esta guía:

Para Factudesk V10 de escritorio:

• Da clic en “Comprobante de pago”.
• Ubica el campo “Régimen fiscal emisor” y selecciona el correcto.
• Continúa elaborando el complemento.

Guía de interés:

Crear complemento de pago en Factudesk versión escritorio

Para Factudesk V10 WEB:

• Da clic en "Emitir 4.0."
• Da clic en la opción “Complemento de pago”.
• Localiza el campo “Régimen fiscal” y selecciona el correcto.
• Continúa elaborando el complemento.

Guía de interés:

¿Cómo elaborar un complemento de pago?